La village de Bourguignon-lès-Morey construit à flanc de coteau cache une origine fort ancienne. Connu depuis le XIXème siècle, un rempart long de 480 m y atteste l'existence d'un habitat fortifié dès l'époque néolithique. Les fouilles du site ont apporté maintes précisions scientifiques et des datations certaines par l'étude des couche de sédiments et du mobilier. Les archéologues ont ainsi constaté que ce site, représentatif des habitats défensifs de Franche-Comté, fut occupé entre 4200 et 200 avant J-C avec des périodes de longs abandons durant lesquels les populations sont vraisemblablement descendues dans la plaine.